Biokeskus Kuopio

Bioinformatiikkakeskuksessa tarjoamme data-analytiikan, menetelmäkehityksen sekä tiedonhallinnan asiantuntijapalveluita. Lisäksi ylläpidämme paikallista laskentapalvelininfrastruktuuria sekä koordinoimme eri alojen tutkijoiden välistä yhteistyötä biolaskentaan liittyvissä kysymyksissä. Bioinformatiikkakeskuksen palvelimet soveltuvat raskaaseen tieteelliseen laskentaan, laajojen tutkimusaineistojen hallintaan ja laskentaympäristöjä voidaan myös räätälöidä tarpeen mukaan eri projektien vaatimukset huomioiden.

• Bioinformatiikkakeskus

Luonnontieteiden, metsätieteiden ja tekniikan tiedekunnassa SIB Labs -palvelut yhdistää ja markkinoi yliopiston osaamista ja laiteinfrastruktuuria, erikoislaitteita, niihin liittyvää konsultointia ja analyysipalveluita sekä soveltavia tutkimus- tai kehityshankkeita. Näitä palveluita voivat käyttää yliopiston tutkijat ja yhteistyökumppanit (oppilaitokset, tutkimuslaitokset, yritykset).

Erityisosaamisemme aloja ovat (bio)materiaalien tutkimus ja kuvantamisteknologiat. Biolääketieteellisen tutkimukseen tarjoamme mm. kuvantamisen menetelmiä kuten elektronimikroskopia (SEM, TEM, näytteenvalmistus), optinen mikrospektroskopia (FTIR, Raman), röntgentomografia (mikroCT) ja spektriset kuvantamisteknologiat.

• SIB Labs -palvelut

Kuvantamisydinpalvelumme tarjoaa käyttöön laitteita, joilla voi kuvata biologisia prosesseja aina kudosnäytteistä yksittäisiin soluihin ja solunsisäisten molekyylien kinetiikkaan. Käytettävissä on perinteisiä valomikroskooppisia metodeja sekä high-throughput-laitteistoja. Tarjoamme myös henkilökohtaista käyttökoulutusta ja tukea sekä fiksoitujen että elävien kudosten ja solujen kuvantamisessa. Tähän kuuluu myös avustaminen kokeen suunnittelussa, näytteenvalmistuksessa, kuvankäsittelyssä ja tulosten analysoimisessa. Asiakkaiden käytettävissä on lisäksi histologian laboratorio palveluineen ja moderneine laitteineen.

• Solu- ja kudoskuvantamisen yksikkö (in English)

Kuopion Biolääketieteellinen kuvantamisyksikkö (Kuopio-BIU) A.I.Virtanen Instituutissa, Itä-Suomen yliopistossa, tarjoaa pienten eläinten in vivo MK-, PET- ja CT-kuvantamispalveluja, sekä mahdollisuuden ex vivo MK-mikroskopiaan. Laitteistokantamme koostuu neljästä korkeakenttä (7-11.7 T) magneetista, PET/MK-laitteistosta (kenttä valittavissa 0.7 T, 3 T tai 7 T), sekä CT-laitteistosta. Autamme kuvantamiskokeiden ja data-analyysin suunnittelussa ja tarvittaessa toteuttamisessa, sekä koulutamme kuvantamislaitteiston käyttöön. Kuopio-BIU on EU-tason tutkimusinfrastuktuuri (ESFRI) osana EuroBioimaging Finnish Biomedical Imaging Nodea.

• Kuopio Biomedical Imaging Unit (englanniksi)

Itä-Suomen Genomikeskus tarjoaa kiinteiden kasvainten, farmakogenomiikan ja monogeenisten sairauksien geenidiagnostista testausta sekä monialaisia korkealaatuisia tutkimuspalveluja. Genomikeskuksen geenidiagnostiikkalaboratorion ammattitaitoinen henkilökunta tekee mm. DNA- ja RNA-sekvensointia (NGS/Sanger), genotyypitystä, geeniekspressiotutkimuksia sekä näihin liittyvää data-analytiikkaa moderneilla laitteistoilla ja tekniikoilla. Genomikeskuksen toimintaa ja palveluja kehitetään jatkuvasti vastaamaan parhaalla mahdollisella tavalla asiakkaiden tarpeita ja toiveita. 

• Geenidiagnostiikka

Kantasolukeskus on A.I. Virtanen -instituutissa toimiva Biokeskus Kuopion palveluyksikkö. Tarjoamme maksupalveluna asiakkaan kudos- tai solunäytteiden uudelleenohjelmointia kantasoluiksi. Menetelmänä on Sendai-virus-pohjainen teknologia ja ohjelmointi tapahtuu ns. Yamanaka-faktoreilla (OCT4, SOX2, KLF4 ja C-MYC). Kantasolujen tuoton lisäksi voimme auttaa solujen kasvatuksessa ja erilaistuksessa hermo-, glia- ja sydänsoluiksi.

• AIVI-kantasolukeskus

Fenotyyppauskeskus tarjoaa tutkimuspalveluja hermoston toiminnan tutkimisessa hiirillä ja rotilla sekä sydänmen ja verenkierron tutkimuksessa hiirillä, rotilla, kaneilla ja sioilla. Tutkimuspalveluihin kuuluu käyttäytymistutkimukset, sähköfysiologiset mittaukset, histopatologiset määritykset ja in vivo kuvantaminen. Tutkimuksissa voidaan käyttää joko asiakkaan tuottamaa tai jonkin BCK:n ryhmän ylläpitämää tautimallia.

• Fenotyyppauskeskus (englanniksi)

LC-MS Metabolomiikkakeskus on Farmasian laitoksella toimiva Biokeskus Kuopion palveluyksikkö, joka on myös osa Suomen Biokeskuksen infrastruktuuriverkostoa. Keskus tarjoaa kromatografiaan ja massaspektrometriaan perustuvaa mittauspalvelua, menetelmien kehitystä ja validointia, mittaustulosten tulkintaa sekä analyyttiseen kemiaan liittyvää asiantuntija- ja koulutuspalveluita. Mittauspalvelut perustuvat uusimpiin tutkimuksiin perustuviin menetelmiin ja sisältävät sekä kohdentamattomia että kohdennettuja menetelmiä. Kohdentamattomat metabolomiikka- ja lipidomiikkamenetelmät hyödyntävät nestekromatografiaa ja korkean erotuskyvyn massaspektrometriaa. Kohdennetut kvantitatiiviset mittausmenetelmät perustuvat kaasu- ja nestekromatografiaan sekä yksikköresoluutio massaspektrometreihin.

• Metabolomiikkakeskus (englanniksi)

Rakennebiologiapalvelu tarjoaa monipuolisia korkean resoluution massaspektrometriapalveluja proteiinianalytiikkaan. Keskeinen osaamisalue on natiivimassaspektrometria, jossa proteiinin massa mitataan biologisesti aktiivisessa laskostuneessa muodossa. Tätä teknologiaa voidaan käyttää esimerkiksi proteiiini-proteiini- ja proteiini-ligandikompleksien mittaamiseen. Määritämme myös proteiinien kolmiulotteisia rakenteita röntgendiffraktiolla (proteiinikristallografia).

• Rakennebiologia

Tietokoneavusteinen lääkeainesuunnittelu on kiinteä osa nykyaikaista lääkekehitysprosessia. Ryhmämme hyödyntää näitä menetelmiä niin uusien bioaktiivisten yhdisteiden identifioinnissa kuin myös niiden jatkokehittämisessä. Menetelmiin kuuluvat niin rakennepohjaiset kuin ligandipohjaiset lähestymistavat, kuten telakointi, analogihaut, 3D-QSAR, farmakoforipohjaiset menetelmät, proteiinimallinnus sekä raskas molekyylidynamiikka. Myös potentiaalisten lääkevaikutuskohteiden laadun arvointi on usein käytetty menetelmä erityisesti silloin, kun jonkin uuden projektin aloittamisesta ollaan tekemässä päätöstä. Tämänhetkiset pääkohteet ovat antimikrobiaaliset lääkeaineet, syöpä, silmälääkintä sekä yleisesti menetelmän kehitys.

• Lääkeainesuunnittelu

A.I. Virtanen -instituutin virusvektorilaboratorio tuottaa laatuvarmennettuja adeno-, lenti-, bakulo- ja AAV-virusvektoreita laboratorio- sekä laajemmassa mittakaavassa. Vieusvektorilaboratoriossa on kaksi GMP-tason ja kolme BSL2/BSL3-tason laboratoriota bioreaktoreineen (10-100 L), inkubaattorit ja laminaarit, vektorien konsentrointilaitteistot, solupankit ja karakterisointiin tarvittavat mittalaitteet. 

Virusvektorilaboratorio kuuluu EU:n ESFRI-infrastruktuuriin, ja se on tuottanut kliinisiin faasien I-II eurooppalaisiin monikeskustutkimuksiin GMP-tason vektoreita sekä prekliinisiin tarkoituksiin käytettyjä clinical grade -vektoreita yli sadalle asiakkaalle Suomessa, EU:ssa ja EU:n ulkopuolella viimeisen kymmenen vuoden aikana.

•  Kansallinen virusvektorilaboratorio

Yhteyshenkilöt

• Johtaja: Seppo Ylä-Herttuala
• Adenovirusvektorit: Johanna Laakkonen
• Lentivirusvektorit: Petri Mäkinen
• AAV-vektorit: Nihay Laham Karam

Yksisolu-genomiikan keskus tarjoaa palveluna yksisolusekvenointikirjastojen tekoa (scRNA/ATAC-Seq) sekä konsultaatiota tutkimuksen suunnittelussa ja datan analyysissa. Palvelumme perustuu Chromium- (10x Genomics) sekä Rhapsody- (BD Biosciences) teknologioihin.

• Yksisolu-genomiikan keskus

In vivo ja ex vivo elektrofysiologia -keskus tarjoaa laitteistoja ja palveluja solujen ja kudosten toiminnallisiin mittauksiin. Keskus tarjoaa palveluja yksittäisten solujen sähköisten ominaisuuksien mittaamiseen patch clamp menetelmällä sekä multielektrodiarray (MEA) mittausmenetelmiä hermoverkkoaktiivisuuden mittaamiseen. Lisäksi keskus tarjoaa palveluja kalsium-kuvantamiselle. Menetelmät soveltuvat soluviljelmille sekä kudosnäytteille.  

Tarjoamme myös henkilökohtaista koulutusta, apua ja ohjausta kokeelliseen suunnitteluun, kudosten tai solujen käsittelyyn ja tietojen analysointiin.

• In vitro and ex vivo electrophysiology (englanniksi)

Monialainen biomekaniikan tutkimusinfrastruktuuri on erikoistunut biomekaanisten ominaisuuksien tutkimiseen kaikissa mittakaavoissa soluista kokonaisiin kehoihin. Meillä on käytössämme huippuluokan mekaaniset ja tribologiset testausvälineet ja asiantuntemus, ja tarjoamme perusteellisia analyysejä kudoksista ja biomateriaaleista. HUMEA-laboratoriomme on erikoistunut ihmisen liikkeen tallentamiseen ja voiman mittaamiseen. Osaamisemme laskennallisessa biomekaanisessa mallinnuksessa tuki- ja liikuntaelimistön sekä kudosten tasolla antaa meille mahdollisuuden paljastaa biomekaanisen toiminnan monimuotoisuutta ja tarjota arvokasta tietoa sekä ihmisen että eläinten kehon ja kudosten toiminnasta eri mittakaavoissa.

• Human Measurement and Analysis (HUMEA) Lab (englanniksi)
• Material Testing (englanniksi)