Apulaisprofessori Merja Heinäniemen tutkimusryhmä Itä-Suomen yliopiston biolääketieteen yksiköstä on saanut Chan Zuckerberg Initiative -rahoitusta hankkeelle, joissa kehitetään laskennallisia menetelmiä ihmisen soluista karttuvan tiedon tutkimiseen. Kumppanina hankkeessa on yliopistotutkija Ville Hautamäki tietojenkäsittelytieteen laitokselta. Rahoitusta myönnettiin kaikkiaan 85 hankkeelle.
Rahoitus tukee osaltaan kansainvälistä Human Cell Atlas -projektia, jonka tarkoituksena on koota tutkijoiden käyttöön avoin tietokanta kaikista ihmisen terveistä soluista niin terveyden kuin erilaisten sairauksien tutkimista varten. Rahoitusta saaneissa hankkeissa kehitetään näiden aineistojen tutkimiseen uusia menetelmiä, ja tutkijat jakavat keskenään tietoa arvioidakseen erilaisten menetelmien vahvuuksia.
Yksittäisten solujen transkriptomiikka tarjoaa työkalun tarkastella geenien ilmentymisen vaihtelua solujen välillä vertailemalla yksittäisten solujen lähetti-RNA-pitoisuuksia. Heinäniemen tutkimusryhmä pyrkii kehittämään syväoppimisen menetelmiä solujen ilmiasujen, fenotyyppien, analyysia varten. Tavoitteena on liittää yksittäisistä soluista tehtyjä havaintoja laajempiin, kudostasolla tapahtuviin ilmiöihin. Tutkijat pyrkivät myös parantamaan yksittäisten solujen mittaustekniikkaa mittauksia haittaavan kohinan vähentämiseksi. Hankkeessa kehitetyt uudet, generatiiviset neuroverkkomallit tukevat Human Cell Atlas -solukartastoa tarjoamalla työkaluja solujen fenotyyppien selvittämiseksi.
Lisätietoja:
Apulaisprofessori Merja Heinäniemi, merja.heinäniemi (a) uef.fi, p. 040 355 3842